Федеральная миграционная служба России переподчинена Министерству внутренних дел. Соответствующее решение принял президент России Владимир Путин. Одновременно в состав министерства внутренних дел включена Федеральная служба по контролю за оборотом наркотиков (Госнаркоконтроль).
Об объединении ведомств Владимир Путин сообщил на встрече с главой МВД Владимиром Колокольцевым, главой ФСКН Виктором Ивановым, командующим Внутренними войсками МВД Виктором Золотовым и замглавой ФМС Екатериной Егоровой.
ФМС России как независимое ведомство функционировала с 2004 года. С 1 января 2006 года в составе ФМС были созданы территориальные органы, объединившие подразделения паспортно-визовой службы и подразделения по делам миграции МВД России, ГУВД, УВД субъектов Федерации, с выводом их в отдельную структуру прямого подчинения. Руководителем ФМС с июля 2005 года до настоящего времени являлся Константин Ромодановский.