Следующий этап жизни кольца — восстановление железной дороги в качестве пассажирской — успешно завершился в наши дни. Длина кольца (54 километра) не изменилась, но теперь на нем есть 31 пассажирская станция, с которых можно осуществить 14 пересадок на метро и 6 — на пригородные электрички. МЦК как транспортная система изобилует новыми технологиями, благодаря которым является динамичным, удобным и безопасным.
В 2001-м появился проект реконструкции дороги: превращения ее в скоростную трассу с возможностью пересадок на линии метрополитена и железно-дорожные линии разных направлений.
К 2008 году 54-километровая трасса Малого кольца имела 17 станций, локомотивное и вагонное депо, дистанции пути, сигнализации и связи, энергоснабжения.
С осени 2010 года в связи со строительством эстакады Четвертого транспортного кольца станция Лефортово была закрыта на реконструкцию, транзитное движение через станцию прекращено. Малое кольцо МЖД оказалось разорвано. В настоящее время оно входит в Московско-Курское отделение МЖД, составляет Московско-окружную дистанцию пути.
А в 2012 году на Малом кольце уже расположились 12 действующих станций, 110 искусственных сооружений, из них 74 путепровода и 6 мостов. Развернутая длина всего кольца 178,2 километра. Межстанционные перегоны двухпутные, движение поездов организовано по двусторонней автоблокировке.
Все станции кольца имеют одностороннее расположение приемо-отправочных путей на внешнюю сторону относительно главных путей и не имеют жесткой специализации по направлениям движения. Полезная длина приемо-отправочных путей станций Малого кольца составляет 850 метров.
Подъездные пути, грузовые районы станций, маневровые вытяжки изолированы от маршрутов пропуска грузовых поездов. Всего к станциям Малого кольца примыкает 131 подъездной путь, на которых обслуживается 159 предприятий.